主要控制空氣中懸浮微生物（細菌與微生物）污染。分為生物潔凈室與生物學安全潔凈室。生物潔凈室適用于制藥工業、手術室、無菌病房、動物實驗室、理化檢驗室和血站等。生物學安全潔凈室內部須保持負壓，適用于傳染性病源實驗室、基因和疫苗等生物工程領域。
